Musim kedua (2012-2013)

Setelah enam bulan berpisah, BoBoiBoy berpindah ke Pulau Rintis untuk bermastautin dan bersatu semula dengan kawan-kawannya yang dikenalinya sejak musim pertama. Di sekolah baru, dia sekelas dengan Yaya, Ying, Gopal dan seorang pelajar baru bernama Fang. Fang berdendam dengannya semata-mata kerana dalam enam bulan yang lalu, BoBoiBoy masih hebat diperkatakan di sekolah terutamanya oleh Gopal sehingga Fang yang merupakan pelajar paling popular di kelasnya tidak dapat menyaingi popularitinya. Bukan setakat itu, Fang juga memiliki kuasa super tersendiri iaitu mengawal bayang bagi tujuan menyerang dan mempertahankan diri. Di samping itu, kehadiran Fang (atau gambarnya) membuat Ochobot terenjat dalam badan.

Maka bermulanya sebuah perseteruan yang dingin antara BoBoiBoy dan Fang yang mana mereka saling beradu kehebatan dalam sukan, pelajaran mahupun penggunaan kuasa super, namun ketegangan antara mereka dikawal oleh kawan-kawan mereka, terutama sekali Yaya selaku ketua darjah dan pengawas sekolah serta Papa Zola sebagai guru matematik dan pendidikan jasmani kelas mereka. Adu Du dan Probe turut masuk campur dalam hal antara BoBoiBoy dengan Fang, hinggakan perseteruan itu memuncak dengan sebuah perlawanan bola sepak antara BoBoiBoy dan kawan-kawan dengan Fang yang bergabung tenaga dengan geng Adu Du.

Pada satu hari, Adu Du mengatasi BoBoiBoy sekawan dengan sejenis bahan kimia yang mengubah perangai mereka. Setiba markas Adu Du untuk memulihkan diri mereka, mereka bukan sahaja berjaya berbuat demikian malah mengetahui punca kuasa-kuasa Fang. Maka BoBoiBoy dan Fang mulai berbaik-baik, tetapi tetap bersaing.

Akhir sekali, Bumi diancam oleh seorang lagi makhluk asing iaitu Ejo Jo iaitu seteru lama Adu Du yang jauh lebih licik dan menggerunkan daripada Adu Du sendiri. Pada pertemuan pertamanya dengan wira-wira Bumi, Ejo Jo begitu mengganas hingga Probe 'terkorban' dalam perang sementara kawan-kawan BoBoiBoy kehilangan kuasa super setelah jam tangan mereka dirampas oleh musuh baru yang kejam itu.